李时珍将此书编成纲目的形式，这种纲目的编写方法的优点在于能够全面地反映出一种药物的各个方面情况，而且眉目清楚。本书的纲目含义有两种：

　　一是就整部《本草纲目》来看，是以16部为纲，62类为目。

　　二是从具体的每个药物来看，也体现出了纲目的关系。

　　以正名为纲，释名为目。如以当归为纲，而以乾归、山蕲、白蕲、文芜等释名为目。

　　以大名为纲，以附品为目。如以西瓜为纲，瓜子、瓜皮、瓜瓤等为目。所以就整部《本草纲目》来看，有其纲目的含义，而各部各卷乃至于每种药物也都有纲目的含义。纲中有目，目中又有纲，纲目交错，构成了一部博而不繁、详而有要的巨著。