对某些矿物而言，颜色是基本的，不变的特性，作为鉴定它的主要依据。例如，孔雀石总是绿色的；蓝铜矿、青金石总是蓝色的，铬绿泥石总是粉红色的。因为存在有一种主要元素，大多数金属有一种固定的颜色，例如，黄铜矿的黄铜色，毒砂的银白色，磁黄铁矿是赤铜色。大多数非金属矿物是由本质上没有特征颜色和无色的元素组成的，但这些矿物的有色变种也大多可能是由于有少量对光有强烈吸收的元素，即着色元素的存在的缘故。例如，红宝石的红色，绿柱石的祖母绿色是由于有铬存在。在石英中微量铁的存在是紫色石英的紫色产生的原因。另外一些矿物的颜色是由于晶体结构中存在缺陷引起光的选择性吸收造成的，无色金刚石，通常就是因为这个原因呈现出绿色、蓝色和黄色。在矿物生长时，常常会裹入一些其他的矿物，而且被它们所染色。例如，赤铁矿呈红色，氧化锰呈黑色，绿泥石呈绿色，它们常常有染色作用，使无色矿物染上这些颜色。