云阳县境，东周赧王元年（前314年），秦灭巴国置巴郡，在云阳地域建县名“朐忍”，是为建县之始。

东汉，献帝兴平二年（195年）属永宁郡；建安六年（201年）隶巴东郡；建安二十一年（216年）改隶固陵郡。

三国时期，蜀汉章武元年（221）属巴东郡。

两晋南北朝时期，西晋、宋、齐、梁、西魏国，朐忍县名、隶属未变；北周天和三年（568年），更名为“云安”。

隋朝，开皇三年（583年）隶信州；大业三年（607年）隶巴东郡。

唐代，武德元年（618年）复隶信州；武德二年（619年）改隶夔州；天宝元年（742年）废夔州置云安郡，后废云安郡复夔州；贞元元年（785年）在云安盐场设云安监。

宋代，开宝六年（973年），云安县升云安军，领云安县、云安监；熙宁四年（1071年）撤云安监，置安义县；熙宁八年（1075年），撤安义县，并入云安县；后废云安军、云安县。

元朝，至元十五年（1278年），复置云安军；至元二十年（1283年）省县入军，军改为州，名“云阳州”，属夔州路。

明代，洪武四年（1371年），州隶夔府；洪武六年（1373年）十二月，州降为县，始为“云阳县”（以地两山夹江，四时多云，而邑当山水之阳，故名云阳），属夔州；洪武九年（1376年）隶重庆府；洪武十四（1381年）属夔州府。

清朝，沿袭明制。

中华民国时期，1917年起，先为国民革命军20军防地，后为国民革命军21军防地；1935年实行新县制，隶四川省第九行政督察区万县专员公署。

中华人民共和国成立后，1949年12月16日成立云阳县人民政府，隶万县地区专员公署；1955年1月，更名为“云阳县人民委员会”；1955年5月，属万县专员公署；1969年10月，更称“云阳县革命委员会”，隶万县地区革命委员会；1981年4月恢复“云阳县人民政府”称谓，属万县地区行政公署；1992年12月，改属万县市；1997年6月18日，重庆直辖市人民政府挂牌，云阳改由万州移民开发区代管；2000年7月14日，直属重庆直辖市管辖。