春秋战国时，区境属巴国枳邑，曾一度属楚国枳邑。

秦灭巴，置郡县，属巴郡枳县。

汉，区境属巴郡枳县。两晋，分益州设梁州，市境属梁州巴郡枳县，成汉时属荆州巴郡枳县。东晋时，巴郡改属梁州，区境复属梁州巴郡枳县。

刘宋，改巴郡属益州，区境属益州巴郡枳县。南齐，置巴州，区境改属巴州巴郡枳县。南梁，改巴州为楚州，区境属楚州巴郡枳县。西魏，改楚州置巴州，区境复属巴州巴郡枳县。北周，复改巴州为楚州，仍置巴郡，区境复属楚州巴郡枳县。明帝武成三年（561），省枳县入巴县，区境属楚州巴郡巴县。

隋，区境属渝州巴县。唐贞观十一年（637），析巴县置隆化县，以城西永隆山得名，治今隆化镇，隶山南道涪州，延续至五代十国时期。先天元年〔712〕避唐玄宗李隆基讳，改名为宾化县。

北宋仁宗祐皇五年（1053），改宾化县为宾化砦，隶夔州涪州。熙宁三年（1070），复名隆化县。熙宁八年（1075），置南平军，以渝州南川县（治今綦江县古南镇北岸）、涪州隆化县隶夔州路南平军。

南宋嘉熙三年（1239），南平军治迁隆化县（废古南川县），隶属未变，直到南宋末。

元至元十六年（1279），立四川南道宣慰司，十八年置四川行中书省，二十二年（1285）废南平军，以南江在綦，而其一源出自南川，遂改隆化县为南川县。至正二十三年（1363），明玉珍称帝，国号夏，历时9年，南川县属大夏国。

明洪武九年（1376），改行中书省为承宣布政使司，南川县隶四川布政使司重庆府。

清顺治三年（1646），改布政使司为省，南川县隶四川省重庆府。嘉庆七年（1802），设道辖府，南川县隶四川省川东道重庆府。

民国元年（1912），南川县隶四川军政府；二年（1913），隶四川省川东道重庆府；三年（1914），隶四川省东川道重庆府；十七年（1928），废道，隶四川省重庆府；二十四年（1935），隶四川省第八行政督察区（治酉阳县）。

1950年，南川县隶川东行署涪陵专区，1952年，复行省制，设涪陵专区，隶四川省涪陵专区；

1968年，改专区为地区，隶四川省涪陵地区。

1994年4月5日撤销南川县，设立南川市（县级），以原南川县的行政区域为南川市的行政区域。

1996年3月，涪陵地区行署建地级市，南川市隶四川省涪陵市。

1997年3月14日，南川隶重庆市。

2006年10月22日，撤销南川市，设立南川区。