小豆施肥应掌握以基肥为主，花荚肥为辅；磷、钾肥为主，氮肥为辅的原则。在中等以下肥力的地块，施用少量氮肥能促使小豆苗期植株健壮生长。小豆需磷量较少，但我国北方地区土壤含磷量有限，每公顷施用60~90千克五氧化二磷可显著增产。小豆对钾元素反应不敏感，但对微量元素硼和钼反应敏感，适当增施硼、钼微肥，有显著增产效果。春播小豆应在播种前，结合整地施足底肥，并每667米2加施25千克过磷酸钙和2.5~5.0千克尿素。夏播小豆如抢墒播种来不及施底肥，每667米2可用2.0~5.0千克尿素或5.0千克复合肥作种肥。在地力较差，不施基肥和种肥的山冈薄地，于第一片复叶展开后，结合中耕每667米2追施尿素3.0千克或碳酸氢铵5.0千克或复合肥8.0千克。在中等肥力地块，于第四片复叶展开（即开花前）后，结合培土每667米2施尿素5.0千克，或过磷酸钙20~25千克。