小豆应适时收获。直立型、早熟、结荚相对集中的品种可在植株上80%的荚果成熟时，一次性收获。无限结荚习性品种，花期较长，成熟不一致，田间50％以上的植株有75％的荚果成熟时为适宜收获期。收获过早粒色、粒型不整齐，秕粒增多；收获过晚易裂荚落粒，籽粒光泽减退，粒色加深。小面积栽培时可分批分期摘荚，大面积种植多采用一次性收割。收获后及时晾晒、脱粒、晒种。种子含水量达到14.5％以下时，即可入库保存。在贮藏过程中，主要防止小豆变色、变质和发生虫害。最好采取密闭的办法，把小豆放在容器内，上面覆盖一层干砂土或干净的麦糠，再盖严，以防止变色。小豆种子的贮藏寿命一般为3~4年。在良好的贮存条件下保存4~5年仍有较高的发芽率。