汉高祖六年（公元前201年）置赣县。因二水于赣州合流成赣江，以此得名。

1949年设赣州市。

1998年，国务院（国函字[1998]114号）批复同意撤销赣州地区和县级赣州市，设立地级赣州市，市政府驻新设立的章贡区。以原县级赣州市的行政区域为章贡区的行政区域，区政府驻阳明路。

赣州市（县级）（1980年－1998年）

1987年，恢复设置市水上办事处（赣民函[1987]90号批复）。

1987年4月5日，沙石乡、蟠龙乡改设沙石镇、蟠龙镇（赣府厅字[1987]165号）。

1989年11月23日，设立蛤湖、龙埠二乡（赣民字[1989]149号批复）。

1993年11月17日，撤销水东乡，设立水东镇（赣民字[1993]167号批复）。

1997年6月5日，设立黄金街道办事处（赣民字[1997]116号批复）。全市辖5个街道、3个镇、6个乡：解放街道、赣江街道、南外街道、水上街道、黄金岭街道、蟠龙镇、沙石镇、水东镇、水西乡、水南乡、湖边乡、沙河乡、蛤湖乡、龙埠乡。

1998年8月5日，撤销湖边乡、水南乡、沙河乡，设立湖边镇、水南镇、沙河镇（赣民字[1998]126号批复）。

1998年8月5日，将南外街道办事处分设为东外、南外街道办事处（赣民字[1998]130号批复）。

章贡区

1998年12月7日，撤销水上办事处，将其所辖交解放街道办事处（赣民字[1998]225号批复）。

2000年，全区辖5个街道、6个镇、3个乡。　根据第五次人口普查数据：全区总人口494600人；其中： 解放街道 37704 赣江街道 74330 南外街

章贡区

道 93393 东外街道 56459 黄金岭街道 13453 水东镇 31221 水南镇 30376 蟠龙镇 30166 湖边镇 26954 沙石镇 32622 沙河镇 18569 水西乡 30774 龙埠乡 10378 蛤湖乡 8201（人）

2000年12月8日，撤销水西乡，设立水西镇，镇政府迁至赤珠岭（赣民字[2000]369号批复）。2001年3月2日，撤销龙埠乡，划归沙石镇；撤销蛤湖乡，划归湖边镇（赣民字[2001]97号批复）。2003年底，全区总人口54.6万人。

2004年底，全区辖5街道7镇。

解放街道　2004年辖14个居委会（西津路、新赣南路、八境台、西郊路、大新开路、南京路、建国路、解放路、姚衙前、健康路、中山路、洪城巷、和平路、尚书街）。

赣江街道　2004年辖14个居委会（厚德路、荷包塘、南市街、大公路、孝义巷、东郊路、钓鱼台、人民巷、蕻菜塘、马坡岭、大庙前、天竺山、姚府里、小南）。

南外街道　2004年辖8个居委会（南外、三康庙、下壕塘、羊婆巷、土地庙、东阳山、大码头、木栏井）、1个村委会（红旗）。

东外街道　2004年辖6个居委会（东外、牛岭、张家围、关刀坪、五龙岗、营角上）、1个村委会（白云）。

黄金岭街道（赣州经济技术开发区）　辖：2个居委会（金岭路、七一九矿）、6个村委会（大坪、杨梅、黄金、金星、坪路、新路）。办事处驻地大坪村。

沙石镇　2004年辖1个居委会（沙石）、18个村委会（火燃、吉埠、楼梯、霞峰、埠上、沙石、南田、东冈、新圩、双桥、石角、龙埠、新建、龙岗、王田、下茹、甘霖、峰山）。

水东镇　2004年辖4个居委会（水东、下沙窝、菜园坝、七里）、7个村委会（沿垇、七里、水东、马祖岩、红星、正兴、虎岗）。

水南镇　2004年辖2个居委会（岭头上、沙角）、4个村委会（长塘、腊长、高楼、南桥）。

湖边镇　2004年辖1个居委会（湖边）、16个村委会（龙岭、涌泉、垇头、蛤湖、梨园、叶山、横江、社前、岗边、善边、窑背、窑下、上禾、湖边、官田、永安）。

沙河镇　2004年辖1个居委会（站东）、9个村委会（河头、华林、罗坑、五龙、龙村、垇下、流坑、黄龙、沙河）。

水西镇　2004年辖1个居委会（水西）、10个村委会（赤珠、石珠、石铺、和乐、白田、黄沙、联三、罗边、水西、凌源）。

蟠龙镇（赣州经济技术开发区）　2004年辖1个居委会（蟠龙）、14个村委会（蟠龙、河坝、田心、杨坑、水碓、章甫、杨边、车头、桃芫、箩渡、虎形、当塘、武陵、坝上）。

2005年底，全区总人口47.8万（不包含黄金岭街道、蟠龙镇人口）。