以大部分辖域位于章江之南而得名。解放前夕属赣县赣州镇、

江西省赣州市章贡区水南镇

白云乡、黄金乡部分辖地。

1950年分属赣州市白云乡和赣县长塘乡、腊长乡。

1952年分属赣州市西外乡、南外乡、白云乡及赣县长塘乡、腊长乡。

1956年6月属赣州市白云乡和赣县黄金乡。

1958年分属赣州市跃进公社（章贡乡）和赣县红旗公社。

1959年属赣州市南外公社（又名南外街道办事处）和黄金公社（又名黄金乡）。

1963年属市南外街道办事处及南桥公社。

1964年8月属白云、南桥公社。

1968年属郊区公社。

1972年11月撤销郊区公社，原白云公社所辖大队并入南桥公社，随即南桥公社改称水南公社。

1984年4月改名水南乡。

1997年，面积23平方千米，人口2.9万，辖南桥、长塘、腊长、黄金、金湖、金龙、高楼7个行政村及岭头上、沙角2个居委会，乡政府驻岭头上。

1998年8月5日，撤销水南乡，设立水南镇（赣民字[1998]126号批复）。