琅岐岛古称“琅琦岛”、“琅琦山”、“嘉登岛”，因刘姓人家较早迁居岛上，

俗称“刘岐”。唐代属闽县晋安乡海畔里。宋代属闽县晋安东乡，里名不变。元代，海畔里与海曲里（壶江、川石岛，现属连江县琯头镇）合并为嘉登海曲里。明代，改为嘉登里。清代，为闽县东南二区嘉屿区。

民国23年（1934年）属闽侯县四区；民国24年改属闽侯县二区；中华人民共和国成立后，1949年8月17日琅岐设闽江口军民办事处。同年12月琅岐属闽侯县二区。

1954年11月，二区辖闽琅镇和衙前、三平、吴庄、海屿、云龙、金砂、凤窝、龙台、公婆等乡。

1956年6月，琅岐划归连江县，同年，10月又划归闽侯县。

1958年8月，琅岐拆区并乡，改为琅岐镇；同年11月成立琅岐人民公社。

1961年11月，琅岐由闽侯县划入福州市郊区。

1963年6月，琅岐设区公所，辖10个人民公社、36个生产大队。

1970年，琅岐从福州市郊区划入连江县。

1975年12月，从连江县划归福州市郊区。

1984年，琅岐人民公社改为琅岐乡。

1991年10月，琅岐乡改为琅岐镇，辖9个管理区，39个行政村，1个居民委员会。

1995年11月，琅岐镇划入福州市马尾区。

1997年，琅岐镇辖26个村委会（农旗、光辉、星辉、光明、勤耕、群星、星光、红光、红星、劳丰、劳光、争丰、乐村、建光、劳团、东红、荣光、吴庄、海屿、云龙、龙台、后水、院前、南兜、董安、凤窝）和1个居民委员会（闽琅居委会），全镇人口7.23万人。