南靖县地域商代属扬州，周和春秋为七闽地，战国为闽越地，即百越族居住区部分。

秦始皇三十三年（公元前214年），秦征服百越族及其边境其他民族后，全国分为36郡（后扩建为46郡），闽越故地被划为闽中郡，南靖属之

秦灭亡后，在楚汉之争中，由于无诸和徭弃楚从汉，刘邦完成统一大业后，便正式承认无诸为闽越王。今南靖一带属闽越国辖地。

汉元封元年（公元前110年），汉廷为强化闽越故地统治，在闽越故地建置冶县，东汉时更名为侯官县，隶属会稽郡，县治在冶（即今福州）。冶县是福建最古老的县，南靖属之。南靖为闽地，北宋地理全书《舆地广记》记载福建全部（漳州等）为闽地。

三国·东吴永安三年（260年），会稽郡南部另建置建安郡，南靖属建安郡侯官县。

晋太康三年（282年），由于人口增加和经济发展，析建安郡部分地域建置晋安郡。晋安郡，郡治在侯官县（今福州），郡设置晋安等8县，南靖属晋安县。

南北朝·梁天监年间（502～518年），析晋安县地分建兰水县（待考），南靖属之。隋开皇十二年（592年），兰水县并入龙溪县，不久龙溪县撤销并入南安县，不久南安县也撤销，直到100多年的唐朝中期漳州一带才再设县：唐垂拱二年（公元686年）十二月初九日，割泉州南部龙溪县南部原绥安县地域建置漳州（此时泉州州驻地为今天的福州，今天的泉州在唐朝久视年间（西元700年）才最后定设州，前面几次裁撤）和潮州一小部分，设置了漳州，并置漳浦、怀恩2县。今南靖县大部分地域属漳浦、龙溪县。大历十二年（777年），汀州龙岩县归属漳州。漳州辖漳浦、龙溪、龙岩3县。今南靖辖地属3县交界地域。

元至治二年（1322年），析龙溪、龙岩、漳浦3县交界地域建置南胜县，治所在今平和南胜，后迁县治于今平和旧县，隶属福建省漳州路。至正十六年（1356年），南胜县治迁至兰陵（今靖城），改名南靖县，仍隶属漳州路。

明洪武元年（1368年），漳州路改为漳州府，南靖属之。洪武二十五年（公元1392年），福建按察分司置宁武道、延汀道、漳泉道三道，漳州府属漳泉道，漳泉道管辖泉州、莆田、漳州。

洪武二十九年（公元1396年），福建按察分司调整合并为建宁道、福宁道二道，漳州府属福宁道，福宁道管辖福州、宁德、泉州、莆田、漳州

清顺治元年（1644年），明亡。福王朱由崧（弘光）立于南京，南靖属之。

顺治二年六月，郑鸿逵与黄道周等奉唐王朱聿健（隆武）于福州，南靖属朱聿健据地。

顺治三年十月，清大将军贝勒孛罗率兵平定闽粤，漳州归清，南靖亦归附。

清袭明制，漳州仍设府，隶属福建省布政司，南靖属之。

民国1年（1912年）废府、州、厅，福建省实行省、道、县3级地方政制。道的设置分为东路、西路、南路、北路4道；今漳州各县属西路道，南靖属之。

民国3年6月，全省依原辖区域设置闽海、厦门、汀漳（前汀漳龙道）、建安4道。南靖属汀漳道，道所在漳州。

民国14年，废道。福建省实行省、县2级地方政制，各县直属福建省。

民国21年4月，中国工农红军东路军东征漳州，成立闽南革命委员会，南靖属之。同年5月，龙岩、南靖、漳平交界处成立南平区苏维埃政府，南靖受其管辖有红畲、半岭、月水、迎坑等地；科岭成立靖北苏维埃政府，受其管辖有南靖、平和、永定、龙岩4县边区地带。

民国22年11月20日，以陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷锴等十九路军将军为核心，联合国民党内一部分抗日反蒋势力，在福州发动福建事变，成立中华共和国人民革命政府，即福建人民政府。同年12月11日，将福建划分为闽海、延建、兴泉、龙汀4省和福州、厦门2个特别市，南靖属龙汀省。

民国23年1月，由于蒋介石重点围攻及其他原因，福建人民政府失败。同年7月，实行行政督察专员制度，全省划分为10个行政督察区，南靖属第六区，区署在漳浦。同年，中共闽南特委在平和欧寮成立靖和浦县苏维埃政府，管辖南靖、平和、漳浦3县交界地带。

民国24年，全省改划为7个行政督察区、1个市，原第六区改为第五区，南靖属之。

民国35年，南靖县划归第六行政督察区，区署在龙岩。

民国36年4月，全省行政督察区重新调整，南靖又归属第五行政督察区。至民国38年9月，南靖县行政区归属不变。

1949年10月20日，原第五行政区改为第六行政区，南靖属之。

1950年3月14日，第六行政区改为漳州行政督察专员公署，南靖属之。

1950年9月14日，漳州行政督察专员公署改为福建省人民政府龙溪地区专员公署，南靖属之。

1967年4月1日，龙溪地区专员公署瘫痪，成立中国人民解放军福建省龙溪专区军事管制委员会，南靖属之。

1968年5月，龙溪地区革命委员会成立，南靖属之。

1978年3月，龙溪地区革命委员会改为龙溪地区行政公署，南靖属之。

1985年5月14日，龙溪地区行政公署改为漳州市人民政府，南靖属之。至1990年，南靖仍属漳州市。

2014年9月，国务院批准同意将南靖高新区，圆山新城（龙海市颜厝镇、九湖镇、程溪镇大部分区域以及芗城区桥南片区）、芗城区天宝镇成立漳州高新技术产业开发区，直属漳州市政府管辖，靖城镇划归漳州高新技术产业开发区。