石亭镇境地秦时属闽中郡；汉元封元年（公元前110年）属会稽郡，建安初年属会稽郡侯官县；三国时吴永安三年（260年）属扬州建安郡东安县；晋太康三年（282年）属晋安郡晋安县。南朝梁武帝大同六年（540年）置龙溪县，隶属南安郡，境地属龙溪县。隋大业三年（607年）属建安郡龙溪县。唐武德五年（622年）属丰州（治在南安）龙溪县；贞元初废丰州并入泉州（治在今福州）；嗣圣元年（684年）析泉州的莆田、南安、龙溪置武荣州（治在南安），境地属武荣州龙溪县。

唐垂拱二年（686年）析龙溪县南境置漳州。其时，境地仍属武荣州龙溪县；景云二年（711年）改武荣州为泉州（治在晋江），境地属泉州龙溪县；开元二十九年（741年）割泉州的龙溪县属漳州，境地属漳州郡龙溪县；天宝元年（742年）改漳州为漳浦郡，境地仍属龙溪县；乾元二年（759年）漳浦郡复名漳州；贞元二年（786年）漳州州治迁于龙溪县凤高山桂林村（今属芗城区），龙溪县成为附廓县，境地属之。

南唐保大四年（946年）漳州改称南州，境地属南州龙溪县。

宋乾德四年（966年）南州复名漳州，境地属漳州龙溪县。

元至元十六年（1279年）漳州改为漳州路，境地属漳州路龙溪县。

明洪武元年（1368年），改漳州路为漳州府，境地属漳州府龙溪县；清仍属漳州府龙溪县。

民国元年（1912年）改漳州府为福建省西路道，龙溪县属之，境地属龙溪县第三区；民国3年西路道改为汀漳道；14年废道，龙溪县隶属福建省；22年龙溪县属龙汀省；民国23年7月，龙溪属第六行政督察专员公署；翌年10月，改第六为第五行政督察公署，境地仍属龙溪县第五区。

民国26年，境地仍属第五行政督察公署龙溪县。

1949年9月19日龙溪县城解放；20日龙溪县全境解放。境地属中国人民解放军军事管制委员会龙溪县人民委员会第五区；10月，龙溪属福建省第六行政督察专员公署，境地仍属龙溪县。

1950年4月1日，境地属漳州行政督察专员公署龙溪县；10月，改属福建省人民政府龙溪地区专员公署龙溪县第五区。

1956年，境地属龙溪县石亭区的石亭乡、北斗乡；1958年撤区并乡，石亭镇属石亭乡；同年9月撤销乡的建制，成立星火人民公社，境地属龙溪县星火人民公社。

1959年3月，石亭属龙溪县天宝公社、北斗属浦南公社。

1960年8月，国务院批准龙溪、海澄合并为龙海县，天宝、浦南2个公社均属龙海县。

1961年6月，由龙海县划归漳州市（今芗城区），建立石亭、北斗两个公社。

1967年6月，境地属龙溪专区漳州军事管制委员会；1968年4月，成立石亭、北斗人民公社革命委员会，隶属漳州市革命委员会。

1980年8月石亭、北斗合并为石亭公社；1980年10月，漳州市革命委员会改为漳州市人民政府；12月石亭人民公社革命委员会改为石亭人民公社管理委员会。

1984年10月，石亭人民公社管理委员会改为石亭乡人民政府。

1985年05月14日，经国务院批准，7月20日撤销龙溪地区行政公署，漳州市升为地级市，9月21日原漳州市建制改设芗城区（以境内九龙江西溪别称芗江而得名），石亭乡属漳州市芗城区。

1986年，芗城区分为市区、郊区2部分，石亭乡属郊区。

1992年4月，石亭乡改制为石亭镇。