聂拉木，藏语意为“颈道”。1276年为阿里的一个行政区；1618年正式受乌思藏地方政府管辖。1751年，清政府废除西藏藏王制，建立地方噶厦政府，设立聂拉木宗，属阿里辖区。

1959年西藏工委决定，取消旧政府。

1960年5月正式建县，划归日喀则地区管辖。

1988年撤区并乡后，全县辖1个镇、6个乡：樟木镇、充堆乡、琐作乡、亚来乡、波绒乡、乃龙乡、门布乡。共有45个村（居）员会。

1999年，充堆乡改为聂拉木镇。2000年，聂拉木县辖2个镇、5个乡：聂拉木镇、樟木镇；亚来乡、琐作乡、乃龙乡、门布乡、波绒乡。根据第五次人口普查数据，全县总人口15479人，其中：樟木镇2852人、聂拉木镇2607人、亚来乡1406人、琐作乡2992人、乃隆乡1211人、门布乡2427人、波绒乡1984人。

2000年12月，西藏自治区为理顺行政体制，撤销自治区驻聂拉木口岸办事处，正式归口聂拉木县管理，设立西藏自治区聂拉木口岸管理委员会。