相传隋代此处有一风穴，故名凤里，后建凤里庵，建有石亭，旁立一对石狮，名为石狮亭，商旅往来，以石狮为标记，久之遂成惯称。

自唐朝以来，石狮是南安县、晋江县境地。

唐武德元年（618年），石狮境内行政区域属建州南安县。开元六年（718年），析南安东南地置晋江县，石狮境域属泉州晋江县。

宋初，石狮境域属平海军晋江县，后属泉州晋江县。元代，属泉州路（一度改称泉州府）晋江县。明代，石狮境域属泉州府晋江县。清乾隆三十一年（1766年），增设晋江县石狮分县。以晋江县贴堂县丞驻石狮街，代管安海。乾隆三十五年，石狮县丞移驻安海旧通判署，嗣后，改设安海分县，石狮一带事务仍归晋江县处理。清代，石狮境域属泉州府晋江县。

民国元年，石狮境域属南路道晋江县。

民国三年，属厦门道晋江县。

民国十六年，属福建省晋江县。

民国廿三年7月，属福建省第五行政督察区晋江县。

民国廿四年10月，属福建省第四行政督察区晋江县。

1942年设石狮镇，属晋江县。

1949年9月，石狮境域属福建省第五行政督察专员公署晋江县。

1949年09月02日，石狮镇解放。10月，建立乡镇人民政权。石狮区域为晋江县第八区（石狮、至善、霞坡）、第九区（复兴、永宁）。

1950年，废除保甲制度。6月，石狮区域为晋江县第八区（石狮、大同）、第九区（永宁、复兴各大部）、第十区（至善、霞坡及永宁、复兴各一部）、石狮镇（石狮市区）。

1951年7月，石狮区域分属晋江县第八区、第九区、第十四区。第八区，区公所驻地在梧林，辖沙塘、梧林、坂山、容卿、塔山、上郭、塘市、后洋、龟湖、三吴、洪窟、玉浦、锦桃、龙塘、港塘、龙福、湖林、杏田、许林、后坊、格潭、梧塘、高霞、社山、罗山25乡。第九区，区公所驻地在永宁，辖莲埭、莲塘、锦林、洋厝、双湖、蚶江、古莲、祥芝、石湖、伍鸿、东埔、厝上、锦溪、联溪、沙郭、梅港、洋沙、三芳、青山19乡和永宁镇。第十四区，区公所驻地在石狮，辖五星乡和宽仁、新华、玉湖3街，撤销石狮镇建制。

1953年，第一次普选后，晋江县十三区（石狮）成立区人民政府。

1955年9月，石狮恢复镇建制。石狮区域分属晋江县石狮镇和港塘区，辖17乡；双湖区，辖12乡；永宁区，辖9乡1镇。

1956年6月，石狮镇升为晋江县县辖镇。石狮区域分属晋江县石狮镇，辖五星乡和新华、新湖、宽仁居委会，共设3街。莲塘区，区公所驻地在莲塘，辖祥芝、东坡、伍鸿、厝上、锦林、莲塘、石湖、蚶江、龙塘、龟湖、杆东、子英、联溪13乡和永宁镇。栖梧区，区公所驻地栖梧，辖大仑、彭田、上郭、后洋、石龟、湖北、龙湖、古宅、紫华、坂山、福林11乡和衙口镇。

1958年3～8月，晋江县撤区并乡，石狮区域分属石狮镇、蚶江乡、祥芝乡、龟湖乡、永宁乡，共设4乡1镇。

1958年9月，实行政社合一，晋江县撤乡成立人民公社。石狮区域分属晋江县石狮人民公社、祥芝红旗人民公社。石狮人民公社，管委会驻地在石狮，辖外高、港塘、曾坑、梅港、永宁、洋厝、后杆柄、龟湖、洪窟、水头、三吴、塘边、大仑、子英、浦内、杆东、沙堤、容卿、新湖、五星、宽仁21个生产大队和新湖、五星、宽仁3个居委会，祥芝红旗人民公社，管委会驻地在伍堡、辖锦溪，锦林、石湖、祥芝、古山、古莲、东埔、蚶江、莲塘、莲埭、双湖、伍堡、厝上13个生产大队。

1961年6月，石狮人民公社析出永宁，成立永宁人民公社，祥芝红旗人民公社析出蚶江，分别成立祥芝人民公社和蚶江人民公社。

1964年6月，恢复石狮镇建制。石狮境内设1个镇4个人民公社，辖72个生产大队、4个居委会。

1980年1月，属晋江地区晋江县。

1986年1月，属泉州市晋江县。

1987年12月17日，经国务院批准，析晋江县石狮、蚶江、永宁3个镇和祥芝乡，置石狮市，由泉州市代管，为省辖县级市，并作为福建省综合改革试验区。

1988年9月30日石狮市正式成立。

1990年10月，撤销石狮镇建制，成立石狮街道。

1991年10月，撤销祥芝乡建制，成立祥芝镇。

1993年7月，石狮街道一分为四，成立宝盖镇、灵秀镇、凤里街道、湖滨街道。

1997年石狮市辖2个街道、5个镇，15个居委会、100个行政村。

2007年，石狮市辖 9个镇（街道），其中镇7个、街道办事处2个，村（社区居）委会122个，其中村101个、社区居委会21个。

2011年，石狮市辖7个镇2个街道办事处、102个村25个社区。