泉港区前身为惠安县部分地方和兴化府仙游县（今莆田市仙游县）部分和融和而成。

莆田县设县于南朝，100多年后划莆田县西部地设清源县，后改名为仙游县，莆田县设立300多年后设立惠安县。

明万历年间（1573—1619年），曾任湖广按察副使的惠安籍的李恺，以上述村连同本来同在枫亭境内的几个村（今属涂岭镇）与惠北地缘邻，便于管辖为由，提议把这些地方从仙游县划出，划给惠安。尔后，李恺出面筹得一笔资金，把这些村买下，从此这七个村落计有一万多亩土地、几万多人，便划给惠安县管辖，并把位于涂岭镇白水坑的惠仙两县界碑北移几公里到界山镇北部，并把界碑新址重新命名为界山村交界塘。

宋理宗年间，莆田洋埕一林氏村民任广东广州增城县尉，晚年退居于此地太白峰东南麓前端的海滩地，因他思念故乡莆田，此地地处莆田南边，故谐音称此地为南浦，后谐音再改为南埔。

1999年界山村升格为界山镇。泉港区在2000年前隶属惠安县（惠北片4镇、1山腰盐场）。

1985年4月11日，省人民政府批准设立肖厝镇，南埔、后龙、山腰3个乡及涂岭乡部分行政区域为肖厝镇的行政区域，下辖86个村委会。

1991年7月14日，泉州市人民政府根据福建省人民政府闽政[1985]综183号文精神，设立肖厝镇，

1992年9月29日（另一为28日）成立镇人民政府。

1996年3月1日，省民政厅批准撤销肖厝镇，设立后龙、山腰、南埔、涂岭、埭港5个镇。

1996年4月21日，福建省人民政府批准成立泉州市肖厝经济开发管理委员会（简称肖厝管委会），为泉州市人民政府派出的正县级行政机构，统一管理协调区域内经济建设和社会发展事务，下辖南埔、后龙、山腰、涂岭、埭港5个镇和国有山腰盐场。

1996年7月11日，肖厝管委会正式挂牌办公。

1999年8月经福建省民政厅批准，镇级行政区划调整为南埔、界山、后龙、峰尾、山腰、前黄、涂岭等7个镇和国有山腰盐场。

2000年4月12日，国务院批准：同意设立泉州市泉港区。泉港区辖原惠安县的山腰镇、后龙镇、南埔镇、涂岭镇、埭港镇5个镇。区人民政府驻山腰镇。12月28日，泉港区正式挂牌成立。

2000年，泉港区辖7镇：山腰镇、后龙镇、南埔镇、涂岭镇、前黄镇、峰尾镇、界山镇。根据第五次人口普查数据：总人口342211人，其中各乡镇人口（人）： 南埔镇 69677、 界山镇 44882、 后龙镇 38202 、峰尾镇 46039 、山腰镇 57094、 前黄镇 35735、 涂岭镇 45668 、福建炼油化工虚拟镇 4914。

2001年，泉港区驻山腰街道，辖1街道6镇，99个村委会。