19世纪以前，南苏丹没有成文历史。一般认为，属于尼罗特族群的丁卡族、努维尔族和希鲁克族于10世纪左右进入南苏丹。16至18世纪，阿赞德人与阿凡加拉人相继在该地区建立统治。18世纪初开始，欧洲人在阿拉伯人协助下，在包括南苏丹在内的非洲大陆猎奴。

19世纪初，埃及与苏丹侵入南苏丹地区。1899年英国与埃及共管苏丹（包括苏丹和南苏丹），并于1902年将南北作为两个实体分而治之。由于种族、宗教、文化等差异，英国原本希望统合南苏丹和乌干达，但是1947年的朱巴会议决定统合南、北苏丹。

1955年，苏丹宣布独立前夕，约瑟夫·阿古领导黑人部队发动兵变，南北苏丹第一次内战爆发。

1972年，约瑟夫·阿古与苏丹政府签署《亚的斯亚贝巴协定》，给予南部有限度的自治权，第一次内战结束。

1955年苏丹独立前夕，因反对与苏丹北方组成独立国家，南方发动第一次内战，直到1972年结束。

1983年，苏丹总统尼梅瑞（Jaafar Nimeiry）宣布在全国实施伊斯兰律法（Sharia）。因对尼迈里政府在全国推行伊斯兰法不满，南方黑人军官约翰·加朗成立苏丹人民解放运动/解放军（苏人解）（SPLM/A），对抗中央政府，第二次内战爆发。

1989年苏丹巴希尔政府上台后，重视解决南方问题。但是，以加朗为代表的南方势力坚持要在南部实行民族自决，建立一个政教分离的国家。

1994年苏丹政府和苏人解开始和谈。

1994年，在东非政府间发展组织的倡导下，苏丹政府同苏人解展开政治谈判，并在美国直接介入下取得突破。

2005年1月，苏丹政府同苏人解在内罗毕签署《全面和平协议》（CPA），结束了长达22年的第二次内战。根据协议，苏丹将组建由北南方共同参与的民族团结政府；此后，苏丹将进入为期6年的过渡期；过渡期结束后，南方居民通过公决决定自己的未来。同年9月，北南双方根据协议组建了民族团结政府。

2007年10月11日，因阿卜耶伊地区的归属、重新部署双方军队等问题迟迟未得到解决，苏人解宣布停止参与中央政府的工作，北南和平进程遭遇危机。为化解这场危机，双方通过协商最终就南部油田非军事化以及双方军队重新部署等问题达成一致，苏人解也于当年底恢复了在民族团结政府中任职。

2011年1月9日，南部苏丹就其未来的地位问题举行公投。公投结果显示，98.83%的选民支持南部地区从苏丹分离，公投结果已为北方政府和国际社会所接受和承认。2011年7月9日，南苏丹独立，成立南苏丹共和国。

苏丹经历50年内战，多达210万人在南北冲突中丧命，最终换来南苏丹的独立。但是独立后的南苏丹困难重重。南苏丹有1000多万人口，但有近四成的人民需要获得粮食援助才能生存下去。当地大部分人民每年的生活费还不到1美元，有10%以上的儿童无法度过他们的5岁生日。成人当中有四分之三是文盲，只有1%的家庭有银行户头。此外，南苏丹不仅和苏丹北部仍存有战争隐忧，在内部也面对不同政治势力的对抗。南苏丹政府是由当地最大部族丁卡族掌控，但南方还未正式立国，已有7支反政府武装部队扬言要推翻政府。

当地的安全问题已成为一大隐患，以致南苏丹政府必须花费7亿美元在同安全相关的事务上，这比政府拨给教育、医药、电力、工业和基础设施等领域的总预算还要高。宗教和文化不同是主要原因之一。南苏丹，自古就是黑人居住的地区，有努尔、丁卡等民族，绝大多数信奉古老的拜物教，少数信奉基督教。北苏丹则不同。北方的努比亚人曾长期被埃及统治，该地区最终也成为自中东迁徙而来的阿拉伯人和逊尼派穆斯林聚居区。

2011年7月9日南苏丹于当地时间7月9号0点（北京时间凌晨5点）宣布正式独立，成为世界上最新的国家。约有30个国家的元首参加南苏丹共和国的独立庆典仪式。苏丹政府正式承认，苏丹总统巴希尔参加南苏丹独立庆典。联合国秘书长潘基文和苏丹总统巴希尔、中国特使姜伟新、美国特使苏珊·瑞斯等各国政要，将出席该国的独立庆典。

2011年7月9日，国旗升起后，原苏丹第一副总统兼南方政府主席萨尔瓦·基尔签署过渡宪法，而后宣誓就任这个新生国家的总统。

2016年4月15日，正式加入东非共同体，成为该组织第六个成员国。