比光镜的要求更高。首先是样品要薄，这是因为电子的穿透能力十分有限，即使是100～200kV高压，电子穿透厚度仅为1μm。通常把样品制成50～100nm厚的薄片(一个细胞切成100～200片)，称超薄切片(ultrathinsection)。其次是要求很好地保持样品的精细结构，特别是在组织固定时要求既要终止细胞生命，又不破坏细胞的结构。第三是要求样品要具有一定的反差。电子显微镜的样品切片最后被放置在载网上而不是玻片上。