棉苗烂根病害是由多种病原菌侵染、危害种子萌发和幼苗生长的综合性病害。一般发生在播种后半月至1月内。棉花苗期烂根病害主要有立枯病、炭疽病、红腐病和猝倒病等。按棉苗发育时期可分为出苗前的烂籽和烂芽及出苗后的烂根和死苗。

　　（1）烂籽播种后，种子和土壤中病菌如炭疽病、立枯病和红腐病菌，在低温高湿条件下会引起种子腐烂。

　　（2）烂芽种子发芽后到出苗前，土壤中立枯病、猝倒病、红腐病菌等侵染幼根和下胚轴基部，导致新芽腐烂。

　　（3）烂根立枯病、猝倒病和红腐病菌均能引起烂根。立枯病菌引起黑色根腐，病斑缢缩状；红腐病菌引起根部锈色，后呈黑褐色干腐；猝倒病菌引起根部水渍状淡黄色软腐。

　　（4）死苗棉花死苗主要病原有立枯病、炭疽病、猝倒病和红腐病菌，以立枯病为主。