贡嘎藏语意为“寨后白山，山顶白色”。吐蕃时期约茹管辖。公元13世纪，由蔡马万户管辖。公元14世纪中叶，元顺帝授权西藏帕莫竹马政权接管西藏地方事务，大司徒绛曲坚赞执政后，在此设立贡嘎宗。后为西藏噶厦政府管辖，贡嘎宗归属洛喀（山南）基巧。

1959年5月将贡嘎宗和杰德秀堆合并，正式成立贡嘎县，隶属山南地区（专区）管辖至今。

1960年县府由贡嘎学村迁至热麦村。县府现驻吉雄。