玛曲古称羌区析支河流域。《后汉书》记载：西周穆王时，西征犬戎获其五王，又获四白鹿。《安多政教史》、《西藏王统记》亦称：占据高原三峰者藏族六大姓之一，以白鹿为图腾的董氏（党项羌）印迷所属玛柯（河曲）部繁衍于此。

春秋战国时，董氏后裔已发展成许多部落。

秦时仍属董氏控制。

汉时，岭王国天子（自称）属地，按姓氏仍属董，按地区属滇零之"钟存部"。

三国时，河曲之地属迷唐羌分支和夷之地。

晋、南北朝时，黄河首曲属党项弥药地区。

隋时大部属河源郡。

唐时为吐蕃将军悉参（节度使）多弥卫（卫府设在河曲）属同恰（州）九州六部之一的玛柯董氏（党项遗部）。

宋时属吐蕃诸部脱思麻（多弥）地区。

元时为吐蕃等处宣慰司之脱思麻路，此地仍称岭地。

明朝时，除卓格尼玛属陕西都司洮州卫外，其余岭地均属朵甘都司赞善王分地的巴西诸部。

清时属蒙古厄鲁特部。清雍正元年（1723年）发生"罗卜藏丹津叛清事件"后，属清朝钦差办理青海蒙古番子事务大臣管辖。清乾隆四十二年（1777年）夏河拉卜楞寺院在河曲组成第一个流官制部落--欧拉部落。清光绪二十四年（1898年）河曲南北尽归拉卜楞寺管辖。

民国十七年（1928年）属甘肃省夏河县，但其政令唯有通过拉卜楞寺院才能在河曲各部施行。

1949年9月18日，夏河县解放以后，为夏河县第七区。

1953年3月中共欧拉工委、欧拉行政工作组正式进入黄河第一弯开展工作，是年9月改为玛曲工委和玛曲行政委员会。

1955年6月，经甘肃省人民委员会批准建县。因玛曲地临黄河，而黄河藏语称"玛曲"而得名，隶属甘南藏族自治州。

1959年1月1日，玛曲、碌曲合并，称洮江县；1962年1月1日，撤销洮江县，恢复玛曲、碌曲两县建置。