芙蓉区地域系长沙古城的一部分。长沙地名《战国策》中已有记载。

长沙称郡始于秦。秦始皇统一中国置三十六郡，其中有长沙郡；吴芮被封为长沙王，传五代，治湘县（今长沙）；长沙筑城始于吴芮。

西汉建长沙国，改湘县为临湘。汉景帝元年（前156年），封十子刘发为长沙王，筑有思母台，后世称定王台，遗址尚存。东汉改长沙国为长沙郡。三国时长沙郡隶属吴国。西晋置湘州，治临湘（即长沙），辖长沙等郡。南朝改临湘为湘州，隋改湘州为潭州，改临湘为长沙县，长沙县名始于此。隋大业三年（公元607年）废潭州置睫沙郡，唐贞观时又为潭州。唐玄宗天宝年间又改为长沙郡。五代时后梁封马殷为楚王，建楚国，都长沙；改长沙为府，为长沙称府之始。楚王六传而亡；建有马王庙，（遗址在今修业小学处），旁有马王街。

宋初复置潭州长沙郡，属荆湖南路，治所潭州（即长沙）。宋末设善

化县。元置湖广行省湖南道宣慰司，领九路三州，长沙属潭州路（后改天临路），治所长沙。明设省，为湖广布政使司，长沙为府（藩王府）。朱元璋子朱梓为潭王，建潭王府，八传而亡。东牌楼、端礼街，八角亭、走马楼、紫荆街一带均为王府宅院之内。清沿明制，康熙三年（1664年），置湖南布政使司，湖南为省，长沙遂为省会。长沙属长宝道，治所长沙，称府。长沙县、善化县隶属长沙府。省、道、府、县治所同城。长沙府治设长治路，旁有府正街、府东街；长沙县署设连升街（今属西区），善化县署设鸡公坡，旁有县正街（今属南区）。

长沙城内以东起落星田、经大观园、石乐私巷、息机园、万庆街、万福街、万寿街、皇仓街、藩城堤至落棚桥一线为界（大致为今天五一西路）以北属长沙县，以南属善化县；东区地域跨两县，分属长沙县下铺、中铺和善化县12铺、14铺。杨家山一带属善化一都、瓦屋街、姚家巷一带属长沙县明道都。

民国元年(1912年)，废府并县，善化并入长沙县，治所在长治路府署旧址。

民国三年（1914年）改长宝道为湘江道，治长沙。

民国九年（1920年）长沙县设长沙市政厅管理市政。

民国二十二年（1933年）国民政府颁布《市组织法》，举办地方自治。同年十月一日，长沙市政府成立。城内分四区。城东为第一区。

民国二十三年（1934年）六月一日，一区区公所成立，为市政府派出机构。

民国二十六年（1937年），市区扩大，近郊设文艺、会春、金盆、岳麓四乡；城内四区改设八镇。一区划分为南阳镇（南阳街片）、端履锁（八角亭片）。

民国二十七年（1938年）十一月，日军侵犯湘北，当局实行焦土

抗战；十一月十二日夜，军警烧城，市区顿成火海，史称“文夕大火”。（十二日韵母代日为“文”）市区一片废墟，东区房屋80%被毁，人民生命财产损失惨重。市政府裁撤，区行政归长沙县管辖。同年十一月二十日，成立长沙市火灾临时救济委员会，处理善后，恢复城南，城北两镇，东区归入城南镇。

民国三十年(1941年)元月长沙县政府呈准将城南、城北两镇改为东、南、西、北四镇；民国三十一年，改镇为区。

民国三十三年（1944年）六月，日军侵占长沙，成立日伪市政府及“维持会”；民国三十四年（1945年）二月成立日伪城东镇公所；民国三十四年八月十五日，日军宣布无条件投降，抗战胜利，长沙光复；民国三十五年（1946年）一月长沙市政府派员接管日伪城东镇镇公所，并成立长沙市政府东区区公所。

1949年8月5日，中国人民解放军进城，长沙和平解放。8月24日，毛赓平受市政府委派：接管城东区区公所；原区长曹啸生办理移交，人员、武器、物资、档案均造册签交，原区公所有区长、区队副各1名，干事、区丁各四名，保长、保队副、保丁各9人以及文书、档案等；自卫大队直属中队移交步枪16枝，机枪2挺，原国民党在东区统治宣告结束。

1949年10月1日，中华人民共和国成立。当天，城东区人民区

公所诞生；为市政府派出机构，为科级，毛赓平任第一任区长。

1951年9月25日召开城东区首属各界人民代表会议，成立城东区人民政府，升为一级政权。

1955年6月1日，区人民政府改为区人民委员会；1960年4月，成立天心阁人民公社管理委员会，与区人民委员会台署办公；1961年9月撤销天心阁人民公社，恢复区人民委员会；1966年5月16日起文化大革命开始后，区人民委员会遂陷入瘫痪；1968年9月16日，由人民解放军支左部队代表、干部代表、群众代表组成三结合领导班子，成立东区革命委员会；1980年5月区第七届人民代表大会选举产生东区人民政府，同时撤销东区革命委员会。

1984年4月、1987年3月先后召开区第八屠、第九届人民代表大会，选举产生区政府、区法院、区检察院领导班子。

芙蓉区人民政府驻地变迁：1949年8月驻蔡锷路三保校（陈家祠堂）；10月迁顺星桥10号青峰庐；次年9月迁落星田50号； 1951年9月迁青石井23号，1954年迁肇嘉坪1号； 1955年6月迁浏正街1号；1960年4月迁韭菜园68号，至今。