新中国成立初期，祝站属孝感县管辖。

1952年—1974年，祝站和三汊分和多次，1975年2月撤区并社，将原祝站区所属的三汊（现埠镇）、赵陈、草店、诸赵和原龙店区所属的涂店5个小公社合并分离。

1983年底设区建乡祝站和三汊合并为祝站区。

1984年撤销孝感县，设立县级孝感市，祝站镇从属。

1993年4月，撤销孝感地区，设立地级孝感市，原县级孝感市一分为二，其北部设立孝昌县，南部设立孝南区，祝站镇属孝南区管辖。