春秋末为越国西部姑篾地，战国时归楚。

东汉初平三年（192）后，历为新安、信安、西安、 衢县治、衢州（路、府）治所在地。

三国时期置峥嵘镇，迭经沧桑。

民国三十一年（1942）城内设峥嵘、鹿鸣两镇。 民国35年（1946），鹿鸣镇并入峥嵘镇。

1949年5月6日衢州解放，于衢县城区设衢州市（县级）。7月1日，建浙江省第三专区，辖衢州市（县级）及衢县、龙游、江山、常山、开化、遂昌6县。10月，第三专区改称浙江省衢州专区。

1950年5月撤销衢州市，设城关区，并入衢县。

1952年1月，设衢县城关区（县级），隶属衢州专区管辖。

1953年5月，改属衢县管辖。

1981年4月撤销衢县，设立衢州市（县级）。

1985年5月衢州市升为地级市，实行市管县体制，并于原衢州市设衢县，同年5月，经国务院批准中心城区设立柯城区。

2001年12月10日衢州调整市区行政区划，国务院批准同意撤销衢县，设立衢州市衢江区。并将原衢县的华墅、沟溪、七里、九华4个乡和航埠、石梁2个镇划归柯城区管辖。