防城港市就其历史而言是从防城、上思两县演变而来的。防城历史

悠久，远在新石器时代，就有先民就已在这块美丽的土地上生息、繁衍。

先秦时期，这一带属于百越之地，秦始皇统一岭南后，归秦置之象；汉为合浦郡地，三国至晋仍属于合浦郡地（三国期间为吴国辖地）；南朝宋、齐时为宋寿县地，属交州管辖，梁、陈时为这宋京郡安京县地，属安州管辖；隋、唐时为钦州辖地。宋时仍隶属钦州管辖，并开始有“防城”之称。

元、明、清时隶属钦州或廉州；至清朝光绪十四年（1888年）划出钦州西部设置防城县，隶属广东。

民国时期至

解放初，仍属广东省属。

防城县1951年至1955年6月划属广西，1955年7月至1965年7月归广东，其间，1957年将防城县划分为十万大山僮族瑶族自治县、防城县；1958年5月， 经国务院批准，十万大山僮族瑶族自治县更名东兴各族自治县，1958年12月，防城县、东兴各族自治县合并后，称东兴各族自治县，县城设在东兴镇。

1965年8月，东兴各族自治县又划归广西壮族自治区。

1978年11月，经国务院批准，县城从东兴镇迁到防城镇，县名改为防城各族自治县。

1984年国务院批准防城港区与北海市等一起列为全国14个沿海开放城市，1985年3月，中共广西壮族自治区委员会、广西壮族自治区人民政府决定设立地级编制的防城港区，直接由自治区领导。

1993年5月23日，国务院批准撤销防城各族自治县和防城港区，设立防城港市（地级），以原防城各族自治县和防城港区的行政区域为防城港市的行政区域，将钦州地区的上思县划归防城港市领导。防城港市辖防城、港口两个区和上思县。同时，广西壮族自治区人民政府决定，原东兴经济开发区（现为县级市）划归防城港市领导，按处级建制管理。