据传，北宋初年，先有一邱氏在此开店，故名。镇境，1912年属泰安县晋化区。

1928年属第五区。

1940年分属旧县、汶阳两区。

1949年属第九区。

1955年为邱家店区。

1958年建东风公社。

1984年改为邱家店办事处。

1985年撤处建镇。

1999年划归泰山区。镇以机关驻地村得名。全镇辖邱家店、梨园、吴家庄、李家庄、官庄、迓庄、栗林、刘家庄、郝家庄、崔家庄、前店、后店、徐家庄、居岭庄、孙家庄、前燕、后燕、东燕、黄沟港、侯家店、中王庄、北王庄、姚家坡、王林坡、渐汶河、刘家疃、石碑、宋官、东郭庄、西郭庄、中郭庄、埠阳庄、运家庄、温辛庄、南王庄、五里井、前旧县、后旧县、中旧县、东旧县、桂林、东颜张、北颜张、西颜张44个行政村，54个自然村。