1958年建南陈屯公社，1982年改乡。

1996年姚庄子乡并入。

1997年，面积53.1平方千米，人口3.7万，辖南陈屯、许宫屯、大季屯、大合庄、刘辛庄、王希鲁、大赵庄南队、大赵庄北队、王官屯、小屯、梁宫屯、陶庄子、张庄子、小吴庄、魏庄子、小孙庄、十二户、肖家园、王辛庄、庄子、王庄子、姚庄子、刘锑庄、刘胖庄、娘娘庙、大王庄、小狄庄、东屯、西屯、西砖河、肖庄子、小朱庄、上河涯33个行政村。

1997年11月7日，国务院批准撤销沧州市郊区，南陈屯乡（不含王希鲁村）划归运河区。