宋时隶城山乡，元时属忠恕乡，光德里、待贤里的九都、十都、十一都，清时属东林、竹溪、仙塘、良兴、添奇等铺及十九都梅峰铺一部分。

民国23年(1934年)属涂岭区。

民国36年改设天马乡，辖10个保。另划东部4个保与后龙乡北部3个保，成立梅东乡。

1961年置南埔公社，1984年改乡，1992年改肖厝镇南埔街道，1996年改南埔镇。

1997年，面积79平方千米，人口11.6万，辖南埔、岭头、塘头、天湖、下朱、柳厝、天竺、凤翔、仙境、玉山、界山、鸠林、鹅头、河阳、东张、玉湖、狮东、槐山、东凉、大前、西枫、柳厝、施厝、仑头、外厝、柯厝、先锋、沙格、肖厝、惠屿30个村委会。

1999年从南埔镇分出设立界山镇。