明嘉靖十三年(1534年)系古城北厢，辖2街；清乾隆二十七年(1762年)系城西北厢。

民国时期是漳州近郊的荒埔、农地。

1949年属龙溪县城关一区；1951年6月属漳州市一区和二区共管。

1955年辖区建火车站，1958年火车站通车后才逐步辟为工业区和住宅区，1982年7月8日经省人民政府批准，于1983年2月7日正式设立南坑街道办事处。

1985年市改区后，南坑街道办事处为区人民政府派出机构。

1995年，南坑街道东连芝山镇市尾村和古塘村，西至芝山镇大同村，南邻东铺头的宝珠园居委会与中国女排三连冠纪念碑，北接芝山镇农友村，总面积5.5平方公里，。