西汉为古哀牢国地。东汉至三国蜀汉属益州永昌郡。西晋属宁州永昌郡。东晋至南朝梁属宁州。北朝周至隋属濮部。

唐南诏国属永昌节度。宋大理国为庆甸，属永昌府。

元天历元年（1328年）置宝通州，属顺宁府。

明洪武十五年（1381年）宝通州省入顺宁州；后为麓川平缅宣慰司兼并，永乐元年（1403年）置大侯长官司，直属云南都司；宣德三年（1428年）改置大侯御夷州，直属布政司；万历二十五年（1597年）降为云州，改属顺宁府。

清初沿明制，云州属顺宁府。雍正八年（1730）设迤西道，顺宁府属之。

民国二年（1913年）7月19日，改云州为云县，迤西道改为滇西道，云县属滇西道。

民国三年（1914年），滇西道更名为腾越道，云县属之。

民国十八年（1929年）废道，直属云南省。

民国三十一年（1942年），云县属云南省第五行政督察区（驻顺宁县）。

民国三十七年（1948年）属云南省第九行政督察区（驻缅宁县）。

1950年2月，云县人民政府建立，属大理专区，县治云城镇。

1956年，撤销大理专区，设置大理白族自治州，原由大理专区代管的云县改由临沧专区管辖。

1959年2月，云县与凤庆县合并为云凤县；10月分设，恢复原建制。

1970年，临沧专区改为临沧地区，云县属之。

2003年12月，临沧撤地设市，云县属地级临沧市。