抚远有着厚重的历史渊源，是满族肃慎人的发祥地之一。原名“伊力嘎”，赫哲语意为“金色的鱼滩”。宣统元年（1909年）在依力嘎地方设绥远州，隶属临江府管辖。

民国二年（1913年）改绥远州为绥远县，划归吉林省依兰道所辖，民国十八年（1929年）绥远县更名为抚远县，直隶吉林省为三等县，康德元年（1934年）伪满州国改行帝制，实行地方行政机构改革，划东北为十四省，抚远县划归新设的三江省所辖。

民国三十四年（1945年）东北光复后，民国三十六年（1947年）六月公布东北新省区方案，改东北为九省，将伪三江、东安两省合并为合江省，抚远县为合江省管辖。全国解放后，恢复东北三省，本县又归属于黑龙江省佳木斯市所辖，后抚远县为黑龙江省省直管县试点，受黑龙江省直接管辖。

2011年，经黑龙江省委、省政府批准，抚远归黑龙江省直接管理，行使地市级经济社会管理权限。抚远也是全省城镇化建设试点县之一。

2016年1月15日，中华人民共和国民政部批复抚远撤县设市。