民国二十六年（1937年），牡丹江设置市的建制后，分属南区、西区和中区。

民国三十四年（1945年），“九三”抗日战争胜利后。

民国三十五年（1946年），始设西安区。

民国三十七年（1948年），将长安区并入西安区。

1952年1月，调整区划，改设第三区。

1956年9月，撤销区的建制，改设西安等街道办事处。

1958年1月，撤销街道办事处，复设西安区。

1960年8月，改称西安人民公社，并将原郊区的温春、沿江农村公社划归西安公社领导。

1962年1月，将农村公社划归新设立的郊区管辖。

1968年，撤区，分别成立先锋等公社。

1970年初，合并改称奋斗公社，同年10月改称先锋区。

1980年6月，恢复西安区名称。区下分设街道办事处。

1992年，西安区是牡丹江市管辖的市辖区。

2000年，西安区辖6个街道、1个镇。