仁怀早在商周时期，就有人类在此繁衍生息。

北宋大观三年（公元1109年）仁怀置县，县城位于今赤水市复兴镇，属滋州。宣和三年，降县为堡，属泸州郡。

元设设怀阳县，置仁怀长官司、古滋长官司，均属播州安抚司。

明洪武十四年，改为仁怀县（县城位于今赤水市）辖地，属四川遵义府。

清雍正五年（1727年）随府改属贵州布政司。

雍正八年，移县治于生界亭子坝（即今天的仁怀市），十一年知县杜诠领帑项一万五千零八十两建城，至十三年新城就。

乾隆三年，仁怀县改为遵义分府，同时所属仁怀，河西，土城三里归遵义府通判管理，仁怀与遵义正式合一。

乾隆十三年，改为仁怀厅，属遵义府管理。

1949年，仁怀解放，设仁怀县，县城位于中枢镇，属遵义专区。

1995年11月30日经国务院批准撤消仁怀县，设县级仁怀市，属遵义地区管辖。

1997年6月，国务院批准撤消遵义地区与县级遵义市，设地级遵义市。仁怀市改为省直辖。

1997年底，贵州省人民政府委托遵义市代管县级仁怀市，此后十余年，仁怀市渐渐成为黔北地区次中心城市。

2013年7月1日，贵州省政府决定将县级仁怀市改为省直管（副厅级），赋予自主经济权利，其行政机构，人大等仍然按照县级市设置，行政区域不从遵义市分离。