双清区是1997年10月邵阳市行政区划调整建立的，由原东区主体及郊区的6个乡组成，因宝庆名胜“双清秋月”点缀其间而得名。

1997年8月29日撤销邵阳市东区、西区、郊区，调整设立邵阳市双清区、大祥区、北塔区。双清区辖原东区的龙须塘、汽车站、小江湖、火车站、桥头、东风路6个街道和原郊区的火车站、高崇山、城东、石桥、云水、鸡笼6个乡，区人民政府驻建设路。因名胜“双清秋月”而得名。10月，正式挂牌成立。

2000年，双清区辖6个街道、2个镇、4个乡。

2002年，双清区辖6个街道办事处、4乡、2镇，70个居委会、73个村。总面积139.6平方千米，其中城区面积27平方千米，农村面积112.6平方千米。

2004年，双清区辖6个街道、2个镇、4个乡。

2015年，双清区辖1乡2镇6街道。