石门自南北朝置石门郡开始，已有1400多年历史。县城古为荆楚之地，秦隶黔中郡慈姑县；汉属武陵郡零阳县；三国吴永安六年，改隶天门郡；晋属天门郡澧阳县；南北朝时天门郡治由今大庸县境下迁石门；陈武帝永安二年，后梁肖察罢天门郡，更置石门郡，隋文帝开皇九年，废石门郡，置石门县，划归澧州管辖，此后虽隶属有变，而县名未易。

县名来历

石门县县名来历传说不一，主要有三：一曰：县城以东二里处两岩壁立如门；二曰：县城以西三里地杨岭岗与新街口附近之石山，隔河对峙似门；三曰：县城以东15里处有岩门口。三者虽方位、距离不同，但俱说明系地形特征而得名。

另据《今县释名》：“《舆地广记》：吴时武陵充县松粱山，有石洞开，广数十丈，名曰天门，孙休以为佳祥，置天门郡于此，隋废郡，置石门县；今县西有石门山。”

2015年9月，《湖南省国土资源厅推进省直管县经济体制改革试点实施方案》出台。根据《方案》，石门县成为湖南国土资源省直管县经济体制改革试点县(市)。