公元785年（唐贞元元年）拆侯官县西乡十里设梅溪场，旋升为县，后改名梅清县。公元911年（五代后梁乾化元年）以梅溪与闽江汇合，江水浊溪水清，改名闽清县。历属福州、长乐府、东都、福州、福安府、福州路、福州府、闽海道。宋时分为奉政、寿宁2乡。元明仍沿其旧。公元1661年（清顺治十七年）分为升平、和丰2坊和旌良、旌善、绥来、淳化、怀德5乡。公元1936年（民国25年）划为3个区，公元1942年（民国31年）并为梅南区，公元1946年（民国35年）划为梅城、玉文2镇和白台、半岭、金沙、龙峰、合龙、清溪、双芝、杉村、埘坪9乡。

1949年仍沿其旧，8月15日解放。

1950年属闽侯专区。

1956年改属南平专区。

1958年实行人民公社化。

1959年复属闽侯专区。

1961年划为16个人民公社。

1971年闽侯专区改称莆田地区。

1983年划归福州市，同年划为17个人民公社。

1984年实行政社分开，各公社分别改为乡（镇），共设3个镇14个乡，后增设云龙乡，并陆续将7个乡改镇。

2000年，撤销省璜乡，设立省璜镇。

2004年7月28日，撤销闽清县后佳乡、佳头乡并入上莲乡。