明代，金塔县境西部隶属威虏卫，东部隶属威远卫。

明太祖洪武九年至二十八年，明朝在河西先后设辖区。

明太祖洪武二十六年，迁“陕西行都司”驻甘州，管理河西卫、所。

明宪宗成化元年后，吐鲁番部族攻占哈密，进犯酒泉。

明世宗嘉靖七年，吐鲁番将领牙木兰开始归化内附。

明世宗嘉靖二十七年，参将刘勋修葺威虏城。

嘉靖二十八年，兵备副使王仪等修复王子庄。

嘉靖三十年，在王子庄安插吐鲁番头目哥里哥什和察黑包子之子满个虎力等。

明神宗万历二十三年，金塔寺堡设守备一员兼管地方。

明思宗崇祯十六年冬，李自成派遣部将贺锦率部西征河西。

清世祖顺治二年，清军消灭李自成贺锦部后，在酒泉建立政权，当时酒泉沿用明制仍称肃州卫。

清高宗乾隆三十七年置安肃道，辖肃州直隶州和安西直隶州，金塔隶属肃州直隶州。

清圣祖康熙三十五年，清代朝廷免去甘肃沿边州、县、卫、所来年应纳钱粮。

清圣祖康熙五十八年，肃州守备曹锡钺在毛目分县屯田。

雍正四年，总督岳钟琪令肃州通州通判毛凤仪。

雍正八年，开天仓营渠，灌田380亩。

清高宗乾隆二十七年，开垦夹墩湾田1200亩。

清世祖顺治三年，改卫军为屯丁，免除军籍。

清世祖顺治五年，河西卫、所，渐次克复，因袭明制。

清世宗雍正二年，裁撤沿边卫、所，改设府、州、县。

雍正三年，裁行都司，置甘肃省布政司，驻兰州。

清高宗乾隆元年，改金塔寺游击营为协镇营。

乾隆二十七年，王子庄州同治所由威虏堡移驻金塔寺堡。

乾隆五十年，王子庄州同彭以懋扩充金塔寺堡，改称金塔城。

清宣宗道光二十年，威虏坝建四号屯庄，此后屯庄普及乡村。

清穆宗同治八年，毛目县丞李彭监修营尔堡告竣。

清德宗光绪元年，王子庄州同郝迂龙修葺金塔城垣与北门瓮城门和敌楼。

宣统二年，王子庄设劝学所。

民国时期，今金塔县境西部隶属金塔县，东部隶属鼎新县。

1949年9月26日，金塔县和平解放。

1949年9月28日，鼎新县和平解放，同属酒泉分区行政督察专员公署。

1955年10月，金塔县、鼎新县隶属张掖专员公署。

1956年3月9日，金塔县、鼎新县合并为金塔县，隶属张掖专员公署。

1958年11月，金塔县、酒泉县合并成立专区级酒泉市，隶属甘肃省人民委员会。

1961年12月，恢复金塔县建制，属酒泉专员公署。

1978年12月，金塔县隶属酒泉地区行政公署。

2002年9月，金塔县隶属地级酒泉市。