日本群岛位于亚洲东部边缘，在北纬31°～46°之间，由北海道、本州、四国和九州四个大岛及附近3，900多个小岛组成，呈向太平洋凸出的弧形列岛。在第四纪时，由于日本海和台湾海峡的沉降而形成今日的弧形列岛。日本全部面积为37.7万平方公里，其中四大岛为36万平方公里。日本群岛的地理位置，是形成日本这个自然综合体的前提。

　　日本群岛在水平地形上的特点是：岛势狭长，海岸曲折，海湾众多，因而群岛的任何地方离海岸都在100公里以内。日本地表崎岖多山，平原面积狭小，山地和丘陵在群岛的地形中最占优势，据统计，日本国有75％的面积为山地和丘陵，其中纯山地即占全国土地的60％。山地的走向和排列多与海岸平行，分内外两带，内带位于日本海一侧，主要包括奥羽、越后、飞驒等较大山脉；外带位于太平洋一侧，主要包括北上、阿武隈、关东、木曾、纪伊、四国、九州等山脉。日本群岛的平原和低山仅占日本面积的13％，临近东京湾的关东平原是本国最大的平原，面积1.6万平方公里，海拔仅50米，其前身为东京湾的海底，如今是日本的政治、经济和文化中心。此外，还有名古屋附近的浓尾平原，大阪、京都一带的畿内平原等。

　　日本群岛是属于环太平洋火山地震带的一环，素以多火山地震著称于世。全境火山可分为8列，即千岛火山脉、那须火山脉、鸟海火山脉、富士火山脉、乘鞍火山脉、白山火山脉、阿苏火山脉和雾岛火山脉。其中雾岛火山脉从九州南部向西南延至琉球群岛，并与台北大屯火山遥相连系。圆锥形的火山是日本最普遍、最重要的一种型式，富士山是其典型代表，此山原是一座活火山，已有百余年未见活动，山顶积雪、四时不化，有日本阿尔卑斯之称。此外还有盾状火山，但不如圆锥状普遍，海拔1，592米的阿苏山，即是一座典型的盾状活火山，火山口至今还常喷出大量的烟气和火山灰。日本是一个多地震的国家，地震带分为两列，日本海沿岸的称内侧地震带，太平洋沿岸的称外侧地震带。大地震多发生在外侧地震带，危害性最大的地震区是在大阪、名古屋和东京附近一带地区。1923年9月1日的关东大地震，引起海啸，死伤17万多人。

　　日本群岛属温和湿润的海洋性季风气候，冬无严寒，夏无酷暑，雨量丰沛。最冷月一月平均气温除本州北部和北海道低于0℃外，其余均在0℃以上；最热月出现在八月，在海洋气团的影响下比较凉爽，平均气温大部分地区在20℃ 以上。雨量丰富，年降水量在800～2，500毫米之间；以日本海沿岸和南部沿海最多，年降水量1，500～2，000毫米，最高可达3，000毫米以上；濑户内海沿岸和北海道北部、中部降水较少，但也有700～900毫米。群岛降水不但丰富，而且季节分配也比较均匀，但每年有两次高峰，一在六月中旬到七月中旬，为梅雨期；另一次在九月，为热带气旋雨。此外，在日本海沿岸冬雨较多，而太平洋沿岸则夏季多雨。

　　日本河流短小湍急，多峡谷瀑布，水利资源丰富。降水较多，河水丰富，有较多的河水供工农业生产使用；同时，由于地形崎岖多山，富水力资源，水能蕴藏量达5，000多万千瓦，这对于矿物燃料资源贫乏的日本来说，意义重大。但日本多数河流的航运价值不大。

　　自然植物种类丰富，森林面积很大，热带性植物较多，且与温带性植物混生，还有许多固有植物，这也是日本自然地理的一个重要特征。由于日本地貌、气候、土壤复杂，在第三纪中新世以前日本与亚洲大陆相连，使日本有可能拥有亚洲大陆的一切植物种属；再加上日本没有受到冰河之灾，较好地保存了古代的植物种属，因而日本列岛植物种类丰富，约有1，000个属，5，500多个种。日本植物中还有很多特有种，在北海道和奥羽地方还有热带性植物与温带性植物混生的现象，例如在北海道就杂有热带性的桂树和花椒树。日本森林面积的比重很大，约占全国土地面积的68％。温带针叶林有松、杉和落叶松；温带落叶阔叶林中主要有栎属、山毛榉属、槭、栗、公孙树等；亚热带常绿阔叶林主要为山茶树、樟科、棕榈科等；南部多樱树。