芦庙镇古称龙王庙集，因明朝末年这里连年大旱，农民为求雨修建龙王庙而得名，又因此处多水洼地，盛产芦苇，以芦远名于外乡，故演化成今天的芦庙集，又称芦家庙集。

1969年设王楼公社，1983年改乡，1992年撤区并乡，王楼、芦庙两乡合并为王楼乡，1994年更名为芦庙镇。