衰老的遗传程序论认为衰老是遗传上的程序化过程，衰老是受特定基因控制的。一切生理功能的启动和关闭都是按照一定程序进行的。有一个程序存在于每种生物体的基因组中，生物体的生长、发育、老化和死亡都由这一程序控制。这一理论有三方面的证据支持。首先是Hayflick的细胞培养实验是这一理论的实验基础。另外，太平洋沿岸的马哈鱼也是这一理论典型的生物体。这种鱼的生物圈在迁徙到产卵地后终止，产卵后几周就死亡了，这期间鱼的鼻、口、背和皮肤上出现明显的形态改变，这些变化使组织广泛退化。第二，发现人从30岁开始，人体各种器官的功能有1%的减退，这包括肺功能、心脏功能、肌功能和听力等。第三是早老综合症（symptomsofearlyaging）也提供了一些少数基因影响和控制整个衰老过程的证据。

　　另外，端粒缩短论和线粒体损伤论都支持衰老的基因程序论。

　　也有很多例子不符合甚至反对遗传程序论，最突出的例子是饮食对蜜蜂寿限的影响，蜂王可活6年之长，而工蜂只能活3～6个月。它们寿命的不同不是由于昆虫遗传基因不同，它们的基因组是相同的。寿命不同仅仅是因为在幼虫期是否喂食蜂王浆，蜂王浆可使蜜蜂的寿限提高大约20倍。