内含子的剪接分为两个主要的阶段。第一阶段是从内含子的5＇端开始切割，将左边的外显子与右边的内含子-外显子分开，左边的外显子是一个线性分子，右边的内含子-外显子形成一个套索结构，在套索结构中，内含子的5＇端同内含子右侧一个碱基相连形成一个环。第二个阶段是在剪接位点的3＇端切割，释放套索中的内含子，同时右边的外显子与左边的外显子连接起来，切割和连接反应不是独立的，而是协同进行的。在这一过程中要由U1、U2、U4/U6、U5snRNP装配成剪接体。首先是由U1和U2snRNPs结合到内含子的两侧，然后U4/U6复合物和U5结合上来形成无活性的剪接体，无活性剪接体经过重排，将U1和U4排除出去，形成活性剪接体，然后将内含子切除。