过氧化物酶体所有的酶和蛋白都是由核基因编码并在细胞质中游离核糖体上合成，然后通过引导序列转运进来。构成过氧化物酶体的脂类都是由内质网合成并通过胞质溶胶中的磷脂交换蛋白转运。如过氧化氢酶是研究得较多的蛋白质,它是一种含血红素的四聚体蛋白,在游离核糖体上先合成不含血红素的蛋白质单体,输入到过氧化物酶体后在血红素存在下装配成四聚体。已发现在过氧化物酶体酶蛋白的羧基端有一个三氨基酸序列Ser-Lys-Leu-(SKL)起到引导肽的作用,如果将这种序列连接到其它细胞质的蛋白质上，能够将这种蛋白质引导到过氧化物酶体中。