玉米种子的储藏环境，直接影响种子的生命力。为确保其安全储藏，必须采用科学的管理方法。
做好种仓的清理和消毒。种子入仓前，对仓库及仓具要进行清理、消毒。对麻袋、编织袋、筛子等器具，可采用刮、敲、打、洗、曝晒和开水烫等方法进行清理。对仓内的异品种种子、杂质和垃圾要清除。要刮去虫窝，修补墙面。同时做好仓外的清理工作。仓库消毒可用80%敌敌畏乳油100-200mg/平方米进行喷雾或挂条施药，然后密封72h。消毒后须通风24h方可进库。也可用0.5%-1%的敌百虫溶液均匀喷洒，每100平方米喷施3kg药液。
把好种子入库关。种子入库时，种子的品质、种子成熟度和破碎粒率应符合规定标准。同时要求种子含水量不能超过13%。要做到“五分开”，即：级别不同的种子要分开；干、湿种子要分开；受潮和不受潮的种子要分开；新、陈种子要分开；有虫病和无虫病的种子要分开。
加强仓库通风。在仓库温度较高，或种子含水量较大时，要及时通风。种子通风时间应在9:00-10:00或18:00-19:00，中午不要通风。通风要掌握4个要领，即晴通、雨闭、雪不通；滴水成冰可以通；早通、晚通、午不通；夜间有雾不能通。
勤于种子检查。
一查种温。注意根据种子含水量等及时检查种温。检查应选晴天，在上午9:00-10:00进行。散装仓分上、中、下3层抽样，每层检查5点共15处；袋装堆放种子的检查，也应定层、定点，可分为上、中、下层检查。
二查水分。以25平方米为1个检验区，采用3层5点共15处的抽样方法。检查的间隔时间，在第一、四季度每月检查1次长期储藏的种子，第二、三季度每月检查2次。
三查发芽率。短期储藏的种子一般不检查发芽率，长期储藏的种子应每4个月检查1次发芽率。另外，根据气温的变化及在熏蒸前后也要相应进行检查。最后1次检验应在出库前10d进行。