玉米千层糖由于加工制作只能在气温较低的季节里进行，所以，时下正值加工制作的最好时机。
配制原料首先熬制玉米芽糖。选用优质玉米（最好是黄玉米）磨碎，然后将生好的麦芽剁碎后加水磨成细浆，用盆或桶等能装水的容器将磨好的麦芽细浆与磨碎的玉米混合拌匀（玉米与麦芽的比例为10：1），并加入适量的水，使混合物能被水浸泡。浸泡1－2小时后，放进锅里用水煮，煮时要经常搅动，防止焦糊。煮熟后再次盛入容器内，放入适量的生麦芽浆拌匀，使之冷却后便于澄清汁液。当汁液澄清没有浑浊感时，连渣带汁一起返回锅中再次煮沸。煮沸后用纱布袋过滤，过滤后的汁液需再次澄清，达到清亮再放进锅里熬煮。开始火可旺点，颜色转为棕黄色时，转为小火，熬至用铁铲起糖液能掉片、表面鼓成的气泡像牛眼睛一样大小时，立即起锅。糖液冷却后变硬，以用竹筷搅动需用力为宜。
炒制玉米花将玉米放入锅中，用中火炒制，炒制时要反复翻动玉米，防止炒焦变糊，当玉米全部爆裂后取出冷却。冷却后用筷子筛去灰尘，剔除炒焦烧糊的玉米粒，并及时放进磨粉机里磨成细粉，越细越好，最好用细筛将玉米粉筛一遍备用。
制作方法先将案板洗净擦干，上铺一层干净无毒的塑料薄膜，在薄膜上撒一层玉米细粉，并用汤勺将玉米糖舀起放在玉米细粉上（如果是冷却的玉米糖，因太硬，必须放在锅里蒸软），这时要及时在玉米糖上撒一层玉米细粉，越薄越好。然后切成筒形，要边制边撒少量的玉米细粉，制成筒形后，切成4－5厘米长的短节。这样，千层糖就制成了，为了防止千层糖变味变质，要选用陶瓷类器具，放一层千层糖，撒一层玉米细粉，直至装满容器，最后密封容器口，食用时要一层一层取食。贮存时注意不要放在阳光直射和温度高的地方，以防糊化成坨。