1、原始水分一般较大，成熟度不均匀：各玉米产区在收获季节，由于天气等因素的影响，使玉米原始水分差别较大。玉米的成熟度也很不均匀，穗的顶部籽粒成熟慢，含水量大，脱粒时容易损伤。
2、玉米的胚大，呼吸旺盛：玉米胚部约占籽粒体积的三分之一，占粒重的10%-12%，组织疏松，含有较多的蛋白质、可溶性糖和脂肪，呼吸量大，呼吸强度约为小麦的8-11倍，使得玉米在贮藏中易吸潮、生霉、发酸、发苦。
3、玉米胚部含脂肪多，易酸败：玉米胚部含有整粒中77%-89%的脂肪，胚的脂肪酸值始终高于胚乳，酸败也首先从胚部开始。
4、玉米胚部容易霉变：由于胚部营养丰富，微生物附着量较多，所以胚部是虫和霉菌首先为害的部位。胚部吸湿后，在适宜温度下，霉菌即大量繁殖，开始霉变。