应贯彻预防为主、综合防治的方针，注意合理轮作和田园卫生，减少病菌来源；选择抗病品种；加强田间管理，合理施肥，培育健壮植株。推广使用生物农药和低毒、低残留、对天敌安全的农药及其混配剂；农药应交替使用，符合GB4285（农药安全使用标准）。用药后，要达到安全间隔期后才能采收、出售和食用。甜玉米常见虫害有玉米螟、斜纹夜蛾、蚜虫等，常见病害有纹枯病，大、小叶斑病，细菌性心腐病，细菌性基腐病等。
1、玉米螟
①农业防治。雄穗抽出心叶1/3-2/3时，隔行或隔株去雄，去雄穗占全田的1/3，上午9：00-10：00为宜，以减少玉米螟的为害。收获后，将所有秸秆清离田间。
②生物防治。大喇叭口期在田间释放赤眼蜂，每亩2万头，分2-3次释放；或每亩用Bt可湿性粉剂（16000U•g-1）50g，对水稀释成2000倍液浇灌心叶；或每亩用Bt菌粉100-200g，按1∶30的比例混细沙土施入心叶；也可用每克约70亿个活孢子的白僵菌粉400g，按1∶10的比例混细沙土施入心叶。
③化学防治。可用90%敌百虫1200-1500倍液、除尽1000倍液，或菜喜1000倍液、虫瘟1号800倍液、阿维菌素（爱福丁乳油）800倍液喷雾防治。
2、斜纹夜蛾
苗期每亩用50%辛硫磷乳油1000倍液进行全田淋施。前中期用炒香玉米粉拌98%巴丹可湿性粉剂配成0.4%的毒饵，于晴天下午在田间少量多点投放，进行饵杀。
3、甜菜夜蛾
常在苗期为害，可用20%米满1500-2000倍液喷雾。
4、蚜虫
秋茬较多发生，常为害雄穗，可每亩用10%吡虫啉可湿性粉剂20g对水45kg喷雾。
5、棉铃虫
常为害花丝，可用20%米满1500-2000倍液或雷丹1000倍液喷雾防治。
6、地老虎
①农业防治。在玉米出苗前彻底铲除杂草，有效地降低虫口基数。
②诱杀。利用黑光灯和糖醋液诱杀成虫，可大大减少第1代幼虫的数量；用敌百虫晶体800倍液喷于切碎的嫩草或菜叶上，傍晚置于田间诱杀幼虫。
③化学防治。用辛硫磷800倍液灌根，或用敌杀死1500倍液喷施。
7、大、小叶斑病
①农业防治。选用抗病良种；实行水旱轮作；适时播种，合理密植，施足基肥，加强管理，注意排灌，降低田间湿度；在发病初期及时摘除老叶和病叶，并带出田外集中烧毁。
②化学防治。发病初期用扑海因1000-1500倍液，或25%环丙唑乳油（敌力脱）1000倍液喷雾，隔7-10d（天）喷1次，注意交替用药。
8、玉米纹枯病
①农业防治。不可重施、偏施氮肥，应与磷、钾肥合理配施，培育健壮植株；排除田间渍水，降低田间湿度。
②化学防治。在发病初期每亩用3%井冈霉素水剂200-300mL对水45-50kg喷雾，隔5-7d（天）喷1次，连喷2-3次。
9、青枯病
也叫玉米茎腐病，属于土传病害。应注意选用抗病品种，及时清理病株，合理轮作。增施钾肥可增强防病效果。
10、细菌性心腐病、细菌性基腐病
①农业防治。杜绝偏施氮肥，培育健壮植株；排除田间渍水，降低田间湿度。
②化学防治。在发病初期用30%氧氯化铜800倍液，或叶枯宁水剂600-800倍液喷施，隔5-7d（天）喷1次，连喷2-3次，注意轮换用药。