水稻生理性赤枯病常发生在山冲冷浸田和有机绿肥未腐熟的稻田。此病多发生在水稻分蘖期，表现为水稻很少分蘖，叶子变为黄褐色，基部一二片叶上生茶褐色不规则形斑点，有的误认为是叶稻瘟。拔出禾蔸，根系为黄褐色，重者为黑色，禾苗不长，俗话叫“发秋”。
生理性赤枯病发生的主要原因有三：一是绿肥分解时产生硫化氢等有毒物质；二是有些冷浸田的铁锈水含有毒物质；三是土壤酸性过重，土壤板结，灌水过深，通气不良。
防治水稻生理性赤枯病，除了合理施肥和科学管水外，轻者每亩撒施火土灰75～100公斤，重者每亩撒施生石膏粉10公斤，8天后即可见效。因为生石膏粉能分解土壤中的有毒物质，中和土壤酸性，促进土壤团粒结构的形成，改善土壤通气条件，所以禾苗很快会长出新根，恢复正常生长。