水稻育秧期间，秧苗常发生绵腐病、立枯病、青枯病和烂秧等病害，如防治不及时，影响培育壮秧，严重者造成秧苗短缺。
绵腐病属真菌病害。绵腐病多发生在3叶期前，长期淹水的水秧田。播种后遇低于10摄氏度以下的低温，秧苗根系活力减退，吸收水肥能力下降，引起根系生长停滞，秧苗抗性减弱，为绵腐病菌提供了侵染条件。病菌在低温潮湿的环境下生长旺盛，乘虚浸入秧苗，造成烂秧。秧苗3叶期前后，气温愈低，持续的时间愈长，烂秧就愈重。一旦发生绵腐病，应及时施药防治。每亩用敌克松1.25公斤，旱秧于一叶一心期，以1∶600～700倍液均匀喷施预防；半旱早育秧于发病初期，以1∶300～500倍液均匀喷施。水秧田应及时换清水串灌2～3次，并排水落干，以提高土温。每亩秧田用硫酸铜50克兑水50公斤喷洒，防治效果很好。
立枯病水稻苗期立枯病分为病理性立枯病和生理性立枯病两种类型。
1.病理性立枯病是由多种混生真菌病原菌引起。主要有禾谷镰刀菌、腐霉菌、根霉菌、木霉菌以及丝黑菌等危害引起。病菌侵染以灌溉水及土壤传播为主。
由镰刀菌浸染引起的秧苗枯萎，凡是用旱地土壤作苗床土，发病的可能性较大。其症状是秧苗生长不良，叶鞘出现褐色病变，并逐渐腐烂，根部呈现褐色，叶片卷缩，发黄凋萎，最后褐枯死亡。从感染病菌的床土断面看，能明显地见到部分白色或淡红色的霉斑。
由腐霉菌引起的立枯病，先是叶鞘出现褐色，秧苗生长衰退。它与由镰刀菌引起的病症区别，主要是地上部分呈现的褐色要淡一些，床土表面不出现白色或淡红色的霉斑，根与地上部分呈现出被水浸渍状，并发生腐烂坏死现象。
由根霉菌引起的立枯病，开始时在种子周围长出白色棉絮似的霉斑，发展迅速，2～3天秧盘内全布满霉斑。造成种子发芽不良和幼苗生长瘦弱，叶鞘和叶呈现淡褐色，基部膨大，根部吸收功能发生障碍，根尖端肥大，根短变为褐色。
由木霉菌引起的立枯病，其症状从出芽初期就开始发生，床土表面和稻种周围长出很厚的白色菌丝，以后便形成青绿色的孢子块，但它与根霉菌引起的立枯病不同的是：只是局部而不是全秧盘发生。秧苗遭到侵染后，根的伸长受阻，根的数量少，也往往变成褐色。本病在发芽时容易蔓延，到幼苗绿化初期病情还不严重，以后就不会造成实际危害了。
由丝核菌引起的立枯病，一般在撒秧前7天左右开始，在育秧盘中央突然出现秧苗成团发黄，下部叶片和叶鞘逐渐变成灰绿色，呈椭圆形至纺锤形水浸状，与纹枯病和稻瘟病相似。在显微镜下观察，具有蛛网状纠结的菌丝，并能形成白色或褐色的菌核。这种病在秧苗过度繁茂，气温高多湿而通风不良的环境条件下极易发生，这种病菌喜欢在旱地土壤栖息孳生，各地在房前屋后，或菜园地上育秧，更易发生。
2.生理性立枯病主要发生在炼苗开始，秧苗突然出现一块饭碗大小的卷叶青枯，因此，有人称为青枯病。生理性立枯病发生很普遍，对生产造成的损失较严重。特别是在育秧期间气温不正常的年份里，常造成大量缺秧，威胁水稻生产。
生理性立枯病与病理性立枯病，在生产上往往是同时发生，两者的主要区别是：生理性立枯病秧苗死亡后，茎基部不腐烂，用手工拔苗可连根拔起；病理性立枯病，在茎的基部多产生水浸状褐色斑点，并逐渐扩大腐烂，在病苗基部和周围床土上长出霉层，拔苗时易从茎基部断裂。
生理性立枯病发生的原因是多方面的，首要的是低温，10摄氏度以下的温度发病严重，低温持续的时间越长发病越严重。当气温升高到20摄氏度时，一般就不会再发生生理性立枯病了。其次是叶龄，在同样低温条件下，随着秧龄增大，遇低温发病的可能性加大。
3.药剂防治立枯病一般是用敌克松1000～1500倍液进行土壤消毒，或者每平方米苗床用70%敌克松可溶性粉剂3克，兑水3公斤喷洒。
敌克松忌阳光直接照射，应选无风晴天下午4时以后喷药为好。敌克松在冷水中溶解较慢，可先用少量温水溶成糊状，再加水稀释到所需浓度。施药后2～3天内苗床不要灌水，以免降低药效。如床土潮湿，兑水的倍数要适当减少，但苗期喷施500倍以下，也易产生药害。