盐碱地种稻在施肥上应以增施有机肥为主，适当控制化肥施用量。盐碱地氮的挥发损失比中性土壤大，深层施肥效果明显高于浅表施肥。因此，要改进盐碱地施肥方法，选用颗粒较大的肥料以减少与土壤接触表面积：改多次表施为80%作基肥或全层施肥，20%作为穗肥表施。
有机肥中大量的有机质可增加土壤对有害阴阳离子的缓冲能力，有机肥肥效持久不易损失，有利于保苗发根促进生长。
盐碱地施用化肥量不宜过多，碱性稻田可选用偏酸性肥料施用，如过磷酸钙、硫酸铵等：含盐量较高的稻田可施用中性肥料，以免加重土壤的此生盐碱化。盐碱地施用化肥应分次施用，少吃多餐。
增施磷肥，适当补锌。磷与土壤酸碱性有密切关系，在ph值6～7.5的范围内速效态磷较多；ph值大于7.5或小于5.5时速效态磷量明显降低。盐碱地种稻淹灌30～50天，土壤ph值由8降低到7.1～7.3，因而有效态磷量增加，但仍低于非盐碱地土壤淹灌后磷的含量，因此，盐要增加磷的施用量。盐碱稻区缺锌现象较普遍，容易产生稻缩苗，可采用底肥施用或在插秧时蘸根的方法适当补锌。