当每亩稻田有卵块120～150块，在卵孵化高峰时（卵块由淡黄色变为紫黑色，初孵幼虫为淡褐色）就是防治水稻二化螟最佳时期。也可在田间枯鞘率达2%时进行防治。
那么，怎样来防治水稻二化螟呢？
其一，销毁带虫稻草。对于不以稻草为主要燃料和发生二化螟危害较重的地区，要求在5月中旬以前把稻草全部销毁。可通过沤肥、加工（高温后变为饲草块或制成稻草碳）、烧掉等方法消灭越冬虫源。
其二，采用频振式杀虫灯对二化螟成虫进行封锁以及本田诱杀。对于发病较重的村屯，必须选用频振式杀虫灯对村屯稻草垛进行灯光封锁，要求开灯时间从6月下旬二化螟成虫始现开始，至9月中旬二化螟成虫终现止。建议在水稻本田2～3公顷设一台杀虫灯进行水稻本田诱杀二化螟成虫。
其三，深浅水交替灌溉。在二化螟孵化高峰后及枯鞘初期（7月上、中旬）灌12～15厘米深水淹没叶鞘，保持水层2～3天，深浅交替进行，可杀死大量幼虫。
再有，就是化学防治水稻二化螟。
水耙地时施药。于水田耙地时亩用90%晶体敌百虫100克毒土法施入。
田间防治。在7月上、中旬，卵孵化盛期开始，选用杀虫单、杀虫双撒滴剂防治，要求整个生育期用药5～7次（间隔7天）。
田间杂草、池埂、林带药剂灭虫。于水稻收获后或次年5月初，选用3%呋喃丹颗粒剂每平方米10～20克加湿土200克闷2小时后撒施。设立明显标志，施药后60天内防止人畜中毒。
药剂封垛。在秋季稻草上垛时，选用80%敌敌畏乳油800倍液逐层喷药，成垛后在表面再喷1次，药剂封闭60天后如做为燃料使用，需拆垛晾晒10天以上方可使用。如稻草成垛已近结冻期，可于次年5月初倒垛后进行药剂封闭，方法同秋季药剂封垛。凡药剂处理过的稻草均不可做为饲料使用。
联防联治。水稻二化螟具有短距离迁飞的习性，因此在防治时要求做到联防联治，否则无法达到最佳防效。另外，杜绝从二化螟重发区私自引种，如制种田有二化螟发生，必须进行严格机械精选，以防二化螟危害面积进一步扩大。