甘蔗育种的方法包括有性杂交育种、转基因育种和分子标记辅助育种。甘蔗有性杂交育种是通过品种间杂交创造新变异而选育甘蔗新品种的一种方法。甘蔗是非整倍性的异源多倍体作物，遗传基础复杂，品种间杂交后代分离大、变异多、产生优良个体的机会多。甘蔗有性杂交育种是目前世界上最常用、最普遍、育种成效最大的一种方法，在我国育成的100多个甘蔗品种中，通过有性杂交育成的甘蔗品种达98%以上。转基因育种和分子标记辅助育种属于分子生物技术育种。转基因育种主要作用在于改良现有品种的抗病、抗虫、抗逆或品质等个别缺点，其育种的基础材料是常规育种培育的甘蔗品种。分子标记辅助育种只是一种选择技术，其选择对象也是有性杂交育种产生的后代材料。因此，甘蔗有性杂交育种是品种改良的最主要途径。