种子在适宜的外界环境条件下不能萌发，叫作休眠。这是植物在长期进化过程中形成的对环境的适应，对维持生命，繁衍后代有重要的意义。种子的休眠可分为三种类型：第一类，胚休眠。这类种子成熟时，胚未分化完全，必须经过形态后熟进行胚的进一步分化发育，再经低温生理后熟才能萌发。属于这种类型的中草药种子有人参、西洋参、五加、刺五加、羌活、黄连、五味子、伊贝母、北沙参、芍药和牡丹等。第二类，生理休眠。这类种子胚的形态分化完全，但由于存在某些因子（如抑制物质），影响了种子的萌发，或是由于胚乳的原因而影响了胚的萌发。必须采取一定的措施，如低温层积、光照或变温处理、外源激素处理等，解除种子的休眠。需要进行生理休眠的中草药种子有很多，如商陆、金莲花、杜仲、金银花、黄柏、龙胆、紫草等。第三类，综合休眠。是由于种皮障碍和胚休眠共同引起的休眠。打破这类种子的休眠，先须突破种皮障碍，然后运用一定的技术措施解除胚的休眠后，种子才能萌发，如山楂、山茱萸等。